2004年4月、駒場キャンパス17号館1階に本センターの前身である,21世紀COE「心とことば~進化認知科学的展開~」のセンターオフィス(約180平米)がオープンしました。センターオフィスはオフィス・スペースとラボ・スペースから構成されています。
2013年にアドバンスト・リサーチ・ラボラトリー内に生理生化学実験室がオープンしました。ヒトと動物を比較することで、認知科学・言語学・脳科学という共時的な研究分野を進化学という通時的な視点から統合して理解することを目指します。
心の先端研究のための連携拠点WISHプロジェクトの一環として、2014年にSiemens社製の3T-MRI「Prisma」を駒場キャンパス21KOMCEE(EAST)に導入しました。64chヘッドコイル、MRIと脳波の同時計測設備、視聴覚刺激提示システムを備えた研究用MRI装置として活用されています。